実験家の方々、学生のみなさん、これまでにまったく量子モンテカルロ法による計算の経験のない方々のご参加を歓迎します。
実習には，リモートのPCクラスタ上でgnuplotを起動して、手元のディプレイに描画するという作業が含まれています。普通にcygwin がインストールされたwindowsPCや，MacOS機などであればOKです。
開催日：2015年12月1日（火） 13:00 - 17:00 （１時間程度の座学のあと実習）
開催場所：物性研究所6階 612 号室
定員：12名（先着順）／参加費無料
＊上記のアドレスに、氏名，身分，所属，連絡先（メールアドレスと電話番号）を明記の上、ご送信下さい。
また、ご準備頂くＰＣ（Ｘ端末）の準備が難しい場合は、その旨を書き添えてください。
参加申込締切日：2015年11月24日（火）迄
ご準備頂く物： Ｘ端末として利用可能なＰＣ
仮定される予備知識： Unix 系OSの初歩（ログインのしかた，テキストエディタの使い方など）
【講演会スタッフ】
正木晶子（理研）／本山裕一（物性研）／川島直輝（物性研）／五十嵐亮（物性研）
【対象ソフトウェアの概要】
DSQSS は，従来主に物性理論研究で利用されてきた量子モンテカルロ法のプログラム群を誰でも使いやすい形に整備したもので，オープンソースのフリーソフトウェア（GPL）です。量子ハイゼンベルクモデル，ＸＹモデル，イジングモデル，さまざまな異方性，さまざまな格子，次元，などに対応しています．とくに磁場中の反強磁性体を扱う場合に有用なワームアルゴリズムを基本的なアルゴリズムとして採用しているので，多くの問題に対して磁化曲線を調べることが可能です．大規模並列化に対応したプログラム（PMWA）も含まれています．より詳しいことは "MateriApps DSQSS" で検索してみてください。
大規模並列量子化学計算プログラムSMASHの開発者向け講習会を開催致します。
SMASHのプログラム構造、並列化手順、2電子積分計算ルーチンなどソースコード
の一部を取り出す方法について解説と実習を行います。
主催： 計算物質科学イニシアティブ (CMSI)
●●● 入構カード●●●
◆ 当日、計算科学研究機構の正面玄関にて「入構カード」をお受け取り下さい。
（機構内の方には「入構カード」の発行は致しません。
R501のドアをノックして頂きましたらスタッフがご案内致します。）
SMASHを基にしたプログラム開発、SMASHと他のプログラムの連成計算、一部ルー
チンの取り出しに興味のある方。
※プログラム内容は予告なく変更になる場合があります。
13:00-14:30 SMASHのプログラム構造などの説明
14:30-15:00 コーヒーブレーク
15:00-17:00 実習および質疑応答
実習のためにネットワークに接続できるノートパソコンをご持参ください。
ご持参のノートパソコンからクラスター計算機にリモートログインし、並列計算を実行します。
ログインは、sshの公開鍵認証またはパスワード認証で行います。お手持ちのパソコンでsshが使える環境を導入し、ログイン方法を理解しておいて下さい。
・Windows（Cygwin / TeraTermなど）
・Linux・Mac（付属のターミナル）
※ 以下をご参照下さい。
SMASHのウェブサイトhttp://smash-qc.sourceforge.net/
物質科学・計算科学に関連する研究員および大学院生に対し、予算の範囲で支給いたします。
旅費申請 締切： 平成27年2月2日（月）
※ 旅費申請をされる方は、締切厳守でお申し込み頂きますようお願い致します。
計算物質科学イニシアティブ事務局 （神戸拠点）
〒650-0047 神戸市中央区港島南町7-1-26 R501
独立行政法人理化学研究所 計算科学研究機構内
東京大学 物性研究所 計算物質科学研究センター 神戸分室
Tel: 078-940-5681 Fax: 078-304-0170
E-mail: adm-kobe@cms-initiative.jp
Webサイト: http://www.cms-initiative.jp/ja/research-support/about-kobe-support
◎ 分子動力学(MD)シミュレーションによる自由エネルギー計算の基礎 ◎
分子動力学シミュレーションと熱力学的積分法の組み合わせによって、溶媒中の溶質分子間距離の関数としての自由エネルギープロフィールを計算する方法の解説、およびMODYLASを用いた演習を行います。
日 時： 平成27年1月30日（金） 13:00 - 17:00
場 所： CMSI神戸拠点（理化学研究所・計算科学研究機構・5階501号室）
講 師： 安藤嘉倫 （名古屋大学大学院）、遠藤裕太 （名古屋大学大学院）、
小西優祐（産業技術総合研究所）、吉見一慶（株式会社 構造計画研究所）、坂下達哉（東大物性研）
定 員： ８名（先着順）
参 加 費： 無 料
主催： 計算物質科学イニシアティブ (CMSI)
今回の講習会は、前回のMODYLAS講習会を踏まえた内容となっております。
そのため、午後の講習会に先立って、午前10:00より前回講習会の復習講座を設けることにしました。
会場は、午後と同じCMSI神戸拠点（理研AICS・5階501号室）です。
sshによるクラスタへのログインに自信のない方の早めのご来場も歓迎いたします。
前回の講習会のスライドは下記URLにありますので、事前に目を通すようお願い申し上げます。
http://ma.cms-initiative.jp/ja/listapps/modylas/modylas_lecture/modylas_weblecture
●●● 入構カード●●●
◆ 当日、計算科学研究機構の正面玄関にて「入構カード」をお受け取り下さい。
（機構内の方には「入構カード」の発行は致しません。
R501のドアをノックして頂きましたらスタッフがご案内致します。）
分子動力学(MD)シミュレーションの原理をある程度理解し,MDシミュレーションによる自由エネルギー計算に
興味のある方、かつLinuxの基本操作(ファイル編集,シェルによるジョブ投入,gnuplot操作など)を行える方。
MODYLASのライセンス(www.modylas.org)に同意した上で使用いただける方。
※プログラム内容は予告なく変更になる場合があります。
10:00-12:00 MODYLAS復習講座（希望者のみ）
13:00-14:00 分子動力学シミュレーションおよび熱力学的積分法の説明
14:00-15:00 MODYLASを用いた実習(1) 使い方説明およびサンプル系の平衡化
15:00-15:30 コーヒーブレーク
15:30-17:00 MODYLASを用いた実習(2) 平均力の計算および自由エネルギーの算出
・実習のためにネットワークに接続できるノートパソコンをご持参ください。
ご持参のノートパソコンからクラスター計算機にリモートログインし、並列計算を実行します。
ログインは、sshの公開鍵認証またはパスワード認証で行います。お手持ちのパソコンでsshが使える環境を導入し、ログイン方法を理解しておいて下さい。
・Windows（Cygwin / TeraTermなど）
・Linux・Mac（付属のターミナル）
・MODYLAS講習会では、VMD (Visual Molecular Dynamics)という以下のソフトを用います。
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
Windows / Linux / Macのインストーラがありますので、持参するパソコンにインストールしておいてください。
なお、VMDのダウンロードにはユーザ登録が必要です。
・MODYLASの使い方についてはHP(www.modylas.org)にある,Reference ManualおよびTutorial資料を参照ください。
※ 以下をご参照下さい。
物質科学・計算科学に関連する研究員および大学院生に対し、予算の範囲で支給いたします。
計算物質科学イニシアティブ事務局 （神戸拠点）
〒650-0047 神戸市中央区港島南町7-1-26 R501
独立行政法人理化学研究所 計算科学研究機構内
東京大学 物性研究所 計算物質科学研究センター 神戸分室
Tel: 078-940-5681 Fax: 078-304-0170
E-mail: adm-kobe@cms-initiative.jp
Webサイト: http://www.cms-initiative.jp/ja/research-support/about-kobe-support
密度汎関数法、擬ポテンシャル、平面波基底による第一原理電子状態計算ソフトxTAPPの利用者向け講習会を開催致します。
本コースはxTAPPをとりあえずは動かすことができる方を対象として、並列実行、STMシミュレーション、エネルギー障壁、ワニエ関数など高度な機能の紹介や、xTAPPを改造するために必要な情報の提供など、中級から上級者向けの話題提供を行ないます。
主催： 計算物質科学イニシアティブ (CMSI)
●●● 入構カード●●●
当日、計算科学研究機構の正面玄関にて「入構カード」をお受け取り下さい。
（機構内の方には「入構カード」の発行は致しません。
R501のドアをノックして頂きましたらスタッフがご案内致します。）
xTAPPを用いた平面波基底第一原理電子状態計算に興味のある方で
付属のチュートリアルを動かすことができる程度の方（中級者および上級者）
※プログラム内容は予告なく変更になる場合があります。
13:00 ~ 15:00 xTAPPの高度な機能について（説明と実習）
15:00 ~ 15:30 コーヒーブレーク
15:30 ~ 17:00 xTAPPの内部構成について、および質疑応答
実習のためにネットワークに接続できるノートパソコン(Mac, Linux,Windowsなど)をご持参ください。
また、xTAPPの付属チュートリアルを動かすことができる程度の方を想定します。
Linux等の講義は行いませんので、事前の自習をお願い致します。
xTAPPの実習計算はCMSI神戸拠点に設置されたクラスター計算機を用いて行います。
ご持参のノートパソコンからクラスター計算機にリモートログインし、計算を実行します。
ログインは、sshの公開鍵認証またはパスワード認証で行います。お手持ちのパソコンでsshを使える環境を導入し、
理解しておいて下さい。
・Windows （Cygwin / PuTTYなど）
・Linux・Mac（付属のターミナル）
講義に関係する資料を当日、配布致します。
xTAPPの配布パッケージはhttp://xtapp.cp.is.s.u-tokyo.ac.jpにあり、
この中にマニュアルとチュートリアルも含まれています。
【当日使用した資料：こちら▼をご参照下さい】
<開催済ハンズオン資料一覧>
物質科学・計算科学に関連する研究員および大学院生に対し、予算の範囲で支給いたします。
計算物質科学イニシアティブ事務局 （神戸拠点）
〒650-0047 神戸市中央区港島南町7-1-26 R501
独立行政法人理化学研究所 計算科学研究機構内
東京大学 物性研究所 計算物質科学研究センター 神戸分室
Tel: 078-940-5681 Fax: 078-304-0170
E-mail: adm-kobe@cms-initiative.jp
Webサイト: http://www.cms-initiative.jp/ja/research-support/about-kobe-support
密度汎関数理論、数値局在基底法、擬ポテンシャル法に基づく汎用第一原理電子状態計算ソフトウエアOpenMXの利用者向けのハンズオンコースを開催致します。OpenMXは日本のグループが中心となって開発を進めているソフトウエアで、現在では多岐に亘る物質群への応用研究が国内外で盛んに行われています。本コースではこれからOpenMXを用いた第一原理計算を始めてみたい方を対象として、計算原理、インストール方法、使用方法等を議論し、さらに簡単な実習計算を体験して頂きます。
またすでに計算を始めておられる方で、疑問に感じる点を直接、開発者に質問したい方の参加も歓迎致します。
奮ってご参加頂ければ幸いに存じます。
主催： 計算物質科学イニシアティブ (CMSI)
◆ 当日、計算科学研究機構の正面玄関にて「入構カード」をお受け取り下さい。
（機構内の方には「入構カード」の発行は致しません。
R501のドアをノックして頂きましたらスタッフがご案内致します。）
OpenMXを用いた第一原理電子状態計算に興味のある方
※プログラム内容は予告なく変更になる場合があります。
13:00-13:30 OpenMXの概要
13:30-13:45 インストール方法
13:45-14:00 実習内容(1)の説明
14:00-14:40 各自実習(1)
14:40-14:50 休憩／コーヒーブレーク
14:50-15:50 計算の実際と実習内容(2)の説明
15:50-17:00 各自実習(2)
17:00-17:30 質疑・応答
実習のためにネットワークに接続できるノートパソコン(Mac, Linux,Windowsなど)を
ご持参ください。計算を実行するにはLinuxやLinux上でのエディター等の知識が
必要となります。Linux等の講義は行いませんので、事前の自習をお願い致します。
OpenMXの実習計算はCMSI神戸拠点に設置されたクラスター計算機を用いて行います。
ご持参のノートパソコンからクラスター計算機にリモートログインし、計算を実行します。
マニュアルや講義に関係する資料を当日、配布致します。
関係する資料はOpenMXの公式web(http://www.openmx-square.org/)でもご覧頂けます。
またOpenMXに実装されたオーダーN法に関する講義資料は以下のwebでご覧頂けます。
http://www.cms-initiative.jp/ja/events/2014-haishin
【当日使用した資料：こちら▼をご参照下さい】
物質科学・計算科学に関連する研究員および大学院生に対し、予算の範囲で支給いたします。
計算物質科学イニシアティブ事務局 （神戸拠点）
〒650-0047 神戸市中央区港島南町7-1-26 R501
独立行政法人理化学研究所 計算科学研究機構内
東京大学 物性研究所 計算物質科学研究センター 神戸分室
Tel: 078-940-5681 Fax: 078-304-0170
E-mail: adm-kobe@cms-initiative.jp
Webサイト: http://www.cms-initiative.jp/ja/research-support/about-kobe-support
Rokko (https://github.com/t-sakashita/rokko) は、以下の固有値ソルバを統一的に利用するためのC++, C, Fortranラッパーライブラリです。
・密行列向け逐次版（LAPACKなど）
・密行列向け並列版（EigenExa, ELPA, ScaLAPACKなど）
・疎行列向けの逐次・並列版（SLEPc, Trilinos/Anasaziなど）
本講習会では、Rokkoインターフェースの概要の講習とともに、Rokko開発者による、ユーザープログラムのRokko利用支援を行います。
◆ 当日、計算科学研究機構の正面玄関にて「入構カード」をお受け取り下さい。
（機構内の方には「入構カード」の発行は致しません。
R501のドアをノックして頂きましたらスタッフがご案内致します。）
・UNIXでのファイル操作、編集、コマンドの実行等に慣れている方
・固有値計算を行うアプリケーションを開発されている方、並列固有値計算ライブラリの利用に興味をお持ちの方
※プログラム内容は予告なく変更になる場合があります。
・Rokkoの概要の紹介
・サンプルの実行
（休憩／コーヒーブレーク）
・TITPACK2（統計物理の厳密対角化パッケージ）へのRokkoの組み込み実習
・ユーザプログラムへのRokkoの組み込み実習
固有値計算を並列化または高速化したいプログラムがありましたら、ご用意ください。
計算実習はCMSI神戸拠点内のワークステーションを用いて行います。
実習のために、ネットワークに接続できるノートパソコン(Mac, Linux,Windowsなど)をご持参ください。
Windowsの場合、SSHが使える端末ソフト(PuTTY, Cygwinなど)をあらかじめインストールしておいて下さい。
PuTTY http://ice.hotmint.com/putty/
WinSCP http://sourceforge.jp/projects/winscp/
Cygwin http://www.cygwin.com/
※ 以下をご参照下さい。
旅費は、物質科学・計算科学に関連する研究員および大学院生に対し、予算の範囲で支給いたします。
計算物質科学イニシアティブ事務局 （神戸拠点）
〒650-0047 神戸市中央区港島南町7-1-26 R501
独立行政法人理化学研究所 計算科学研究機構内
東京大学 物性研究所 計算物質科学研究センター 神戸分室
Tel: 078-940-5681 Fax: 078-304-0170
E-mail: adm-kobe@cms-initiative.jp
Webサイト: http://www.cms-initiative.jp/ja/research-support/about-kobe-support
京コンピュータのような高性能コンピュータが利用可能になり、巨大分子や膨大な数の小・中型の分子の量子化学計算が可能になった。これに伴い、構造モデルの作成、入力データの作成や結果のグラフ化を効率よく行える支援プログラムの必要性が高まっている。確立した計算法によるルーチンワークの場合は別にして、新しいことに挑戦する場合、既成の計算支援プログラムには必要な機能が無い、あるいは、できるとしても、面倒な操作が必要なことが多い。将来に向けて、大規模計算を支援するGUIプログラムをみんなで育てていくことが重要だと考える。各自・各グループが取得した計算ノウハウを計算支援プログラムの形で蓄積し相互利用できるようになれば、計算化学の活用がいっそう促進されると期待される。
計算化学者こそが先端的研究を通じて貴重なノウハウを取得しているはずであるが、自らGUIプログラムを作成するのは障壁が高いと思われる。本講習会では、FUをベースにして、各自が独自の計算支援ソフトを開発する際の踏み台として使える分子モデリングソフトのプロトタイプを作成する。なお、講師はpythonやGUIプログラミングの初心者であり、高度な技術は伝授できないことをあらかじめお断りしておく（何よりもすぐに研究に役立つことを優先する）。
実習は参加者各自が持参するノートパソコンで行う。パソコンはWindows7（メモリ2GB以上）を推奨する。
主催： 計算物質科学イニシアティブ (CMSI)
pythonによるプログラミングの経験がある方（初級レベルでよい）
※プログラム内容は予告なく変更になる場合があります。
13:00-13:30 FUの概要
13:30-16:30 wxPythonプログラミング実習
1) ウィンドウの作成
2) 構造データファイルの読み込み
3) OpenGLによる分子模型の描画
4) マウスeventの取得と分子模型の回転
（休憩／コーヒーブレーク）
16:30-17:00 FUプログラムの改変・機能追加
17:00-17:30 質疑・応答
FUの公開版を、MateriApps (http://ma.cms-initiative.jp/ja)で“fu”を検索して、ダウンロードして下さい。ダウンロードファイルを展開するとfu-23Dec2013フォルダーができます。このフォルダーをC：￥ドライブ直下に置いてください。ここに、ソースプログラム、実行形式プログラムや説明書など一式が収められています。説明書類に目を通しておいて下さい。なお、当日、この公開版を用いて実習します。
※ 以下をご参照下さい。
旅費は、物質科学・計算科学に関連する研究員および大学院生に対し、予算の範囲で支給いたします。
◆ ご不明な点はCMSI事務局（神戸拠点）にお問い合わせください。
計算物質科学イニシアティブ事務局 （神戸拠点）
〒650-0047 神戸市中央区港島南町7-1-26 R501
独立行政法人理化学研究所 計算科学研究機構内
東京大学 物性研究所 計算物質科学研究センター 神戸分室
Tel: 078-940-5681
Fax: 078-304-0170
E-mail: adm-kobe@cms-initiative.jp
Webサイト: http://www.cms-initiative.jp/ja/research-support/about-kobe-support
ALPS (Algorithms and Libraries for Physics Simulations)プロジェクトは、量子スピン系、格子ボゾン系、強相関フェルミオン系など強相関量子格子模型のシミュレーションためのオープンソースソフトウェアの開発をすすめている国際共同プロジェクトです。本プロジェクトではXMLやHDF5に基づく共通入出力ファイル形式の提案、ソフトウェア開発の基盤となるライブラリ、解析や可視化のためのツール、シミュレーションプログラムなどの開発などを行っています。ALPSでは、古典/量子モンテカルロ法、厳密対角化、DMRG、動的平均場近似のためのQMCソルバなど、基本的かつ重要なアルゴリズムに基づくシミュレーションプログラムが用意されており、計算物理の専門家でなくとも手軽にシミュレーションを始めることがでできます。また、ALPSでは並列シミュレーションのための多重並列スケジューラも整備されており、ユーザプログラムと組み合わせて使うことで、ノートPCからスーパーコンピュータ「京」のような超並列環境までシームレスに並列シミュレーションを実行することが可能となっています。
今回の講習会では、量子スピン/格子ボゾン系の厳密対角化/量子モンテカルロ法によるシミュレーションに興味をお持ちの方を対象として、ALPSの概要と基本的な使い方についての講義、CMSI神戸拠点のワークステーションクラスタを用いたALPSアプリケーションの実行、結果の可視化に関する実習を行います。また、参加者がシミュレーションしたいと考えている模型に関しての個別コンサルティングも行う予定です。実験の方・大学院生の参加も歓迎します。
・ ALPSホームページ：http://alps.comp-phys.org/
・ ALPS＠MateriApps：http://ma.cms-initiative.jp/ja/listapps/alps
・ ALPS講習会資料：https://sourceforge.net/projects/alps-tutorial/files/kobe-20140616/
主催： 計算物質科学イニシアティブ (CMSI)
共催： 高度情報科学技術研究機構 (RIST)
◆ 当日、計算科学研究機構の正面玄関にて「入構カード」をお受け取り下さい。
（機構内の方には「入構カード」の発行は致しません。
R501のドアをノックして頂きましたらスタッフがご案内致します。）
・ALPSアプリケーションを用いた量子スピン系/格子ボゾン系の厳密対角化/量子モンテカルロに興味のある方
・UNIXでのファイル操作、編集、コマンドの実行等に慣れている方
・並列計算、プログラミングの経験は問いません
※プログラム内容は予告なく変更になる場合があります。
13:00-13:15 はじめに
13:15-14:00 ALPSの概要
14:00-14:30 ALPSの実行 (実習)
14:30-15:00 休憩／コーヒーブレーク
15:00-16:00 Python, pyalps, matplotlib 入門
16:00-17:00 ALPSアプリケーションを用いた実習
計算実習は256コアを持つCMSI神戸拠点内のワークステーションを用いて行います。計算実習のためにネットワークに接続できるノートパソコン(Mac OS X, Linux, Windowsなど)をご持参ください。Windowsの場合、SSHが使える端末ソフト(PuTTYなど)をあらかじめインストールしておいて下さい。
・参考資料：「PuTTYとWinSCPの設定要領」
http://www.cms-initiative.jp/ja/research-support/about-kobe-support/92foiz.pdf
※ 以下をご参照下さい。
旅費は、物質科学・計算科学に関連する研究員および大学院生に対し、予算の範囲で支給いたします。
◆ ご不明な点はCMSI事務局（神戸拠点）にお問い合わせください。
計算物質科学イニシアティブ事務局 （神戸拠点）
〒650-0047 神戸市中央区港島南町7-1-26 R501
独立行政法人理化学研究所 計算科学研究機構内
東京大学 物性研究所 計算物質科学研究センター 神戸分室
Tel: 078-940-5681
Fax: 078-304-0170
E-mail: adm-kobe@cms-initiative.jp
Webサイト: http://www.cms-initiative.jp/ja/research-support/about-kobe-support
バージョン管理システム(バージョンかんりシステム)とは、コンピュータ上で作成、編集されるファイルの変更履歴を管理するためのシステム。特にソフトウェア開発においてソースコードの管理に用いられることが多い。バージョン管理システムの最も基本的な機能は、ファイルの作成日時、変更日時、変更点 などの履歴を保管することである。これにより、何度も変更を加えたファイルであっても、過去の状態や変更内容を確認したり、変更前の状態を復元することが 容易になる。更に、多くのバージョン管理システムでは、複数の人間がファイルの編集に関わる状況を想定している。商業的なソフトウェア開発やオープンソースプロジェクトなどでは、複数の人間が複数のファイルを各々編集するため、それぞれのファイルの最新の状態が分からなくなったり、同一ファイルに対する変更が競合するなどの問題が生じやすいが、バージョン管理システムは、このような問題を解決する仕組みを提供する。( https://ja.wikipedia.org/wiki/バージョン管理システム より)
本講習会では、バージョン管理システム初心者を対象に、その特徴と概要に関する講義の後、ノートPC、ワークステーションを用いて実習を行います。実習は主に git ( http://ja.wikipedia.org/wiki/Git )を用います。また、github ( https://github.com )や sourceforge ( http://sourceforge.net )を用いたオープンソースソフトウェアの開発・公開の進め方についても紹介します。
主催： 計算物質科学イニシアティブ (CMSI)
共催： 高度情報科学技術研究機構 (RIST)
＜入構カードについて＞
◆ 当日、計算科学研究機構の正面玄関にて「入構カード」をお受け取り下さい。
（機構内の方には「入構カード」の発行は致しません。R501のドアをノックして頂きましたら
スタッフがご案内致します）
実習のために有線/無線LANに接続できるノートパソコン(Mac OS X, Linux, Windowsなど)をご持参ください。Windowsの場合、SSHが使える端末ソフト(PuTTYなど)をあらかじめインストールしておいて下さい。
また可能であれば、事前に github ( https://github.com )と sourceforge ( http://sourceforge.net )のアカウントの取得(無料)をお願いします。
※ 以下をご参照下さい。
計算物質科学イニシアティブ事務局 （神戸拠点）
〒650-0047 神戸市中央区港島南町7-1-26 R501
独立行政法人理化学研究所 計算科学研究機構内
東京大学 物性研究所 計算物質科学研究センター 神戸分室
Tel: 078-940-5681
Fax: 078-304-0170
E-mail: adm-kobe@cms-initiative.jp
Webサイト: http://www.cms-initiative.jp/ja/research-support/about-kobe-support
新規開発のソフトウェアFUの構造モデリング機能の説明と実習を行います。実習では、光合成反応中心タンパク質複合体（PSII）の構造モデル作成を行います。巨大・複雑なタンパク質複合体の、QM/MMやQM計算のための初期構造データの作成に興味をお持ちの方の参加を歓迎します。
実習は参加者各自が持参するノートパソコンで行います。パソコンは64ビットWindows7（メモリ2GB以上）を推奨します。本講習会で使用するFU（開発版）は、講習会当日にUSBメモリで配布します。
主催： 計算物質科学イニシアティブ (CMSI)
◆ 参加登録頂いた方には、入構証（ゲストカード）を発行します。入構証は当日、計算科学研究機構の正面玄関にてお受け取り下さい。（機構カード/理研IDカードをお持ちの方は、ご自身のカードをお使い下さい）
事前準備ができる方。
１．13:00-13:30 FUの機能と操作法の説明
２．13:30-14:00 PSIIの構造モデリングについて
３．14:00-17:00 モデリングの実習
１）モデリングのお膳立て
２）実験構造の欠落部分の検査と修復
３）水素原子の付加と部分構造最適化（TINKERおよびGAMESSを利用）
４）全系および縮小モデルの作成
６）別途求めたOECクラスターのタンパク質への埋め込み
（随時、休憩／コーヒーブレークをはさみます）
４．17:00-17:30 質疑・応答
GAMESSのバイナリプログラム（64ビット版）をダウンロードして正しく動作することを確認しておいて下さい。GAMESSは下記Webサイトで申し込むと、e-mailでパスワードが送られてきて、その後にダウンロードできます。
http://www.msg.ameslab.gov/gamess/
TinkerのWindows用のバイナリプログラム(64ビット版）を、http://dasher.wustl.edu/ffe/からダウンロードし、正しく動作することを確認しておいて下さい。
FUの公開版を、MateriApps (http://ma.cms-initiative.jp/ja)で“fu”を検索し、ダウンロードして下さい。ダウンロードファイルを展開するとfu-23Dec2013フォルダーができます。ここに、実行形式プログラムや説明書など一式が収められています。説明書類に目を通しておいて下さい。なお、当日配布のFU開発版には、これにfutools（コンソールアプリケーション）が追加されます。
(注意：全てのプログラムのフォルダーは、C:ドライブ直下に置いて下さい）
※ 以下をご参照下さい。
旅費は、物質科学・計算科学に関連する研究員および大学院生に対し、予算の範囲で支給いたします。
計算物質科学イニシアティブ事務局 （神戸拠点）
〒650-0047 神戸市中央区港島南町7-1-26 R501
独立行政法人理化学研究所 計算科学研究機構内
東京大学 物性研究所 計算物質科学研究センター 神戸分室
Tel: 078-940-5681
Fax: 078-304-0170
E-mail: adm-kobe@cms-initiative.jp
Webサイト: http://www.cms-initiative.jp/ja/research-support/about-kobe-support
ALPS (Algorithms and Libraries for Physics Simulations)プロジェクトは、量子スピン系、格子ボゾン系、強相関フェルミオン系など強相関量子格子模型のシミュレーションためのオープンソースソフトウェアの開発をすすめている国際共同プロジェクトです。本プロジェクトではXMLやHDF5に基づく共通入出力ファイル形式の提案、ソフトウェア開発の基盤となるライブラリ、解析や可視化のためのツール、シミュレーションプログラムなどの開発などを行っています。ALPSでは、古典/量子モンテカルロ法、厳密対角化、DMRG、動的平均場近似のためのQMCソルバなど、基本的かつ重要なアルゴリズムに基づくシミュレーションプログラムが用意されており、計算物理の専門家でなくとも手軽にシミュレーションを始めることがでできます。また、ALPSでは並列シミュレーションのための多重並列スケジューラも整備されており、ユーザプログラムと組み合わせて使うことで、ノートPCからスーパーコンピュータ「京」のような超並列環境までシームレスに並列シミュレーションを実行することが可能となっています。
今回の講習会では、量子スピン/格子ボゾン系の厳密対角化によるシミュレーションに興味をお持ちの方を対象として、ALPSの概要と基本的な使い方についての講義、CMSI神戸拠点のワークステーションクラスタを用いたALPS厳密対角化アプリケーションの実行、結果の可視化に関する実習を行います。
・ ALPSホームページ：http://alps.comp-phys.org/
・ ALPS＠MateriApps：http://ma.cms-initiative.jp/ja/listapps/alps
・ ALPS講習会資料：https://github.com/cmsi/alps-tutorial
主催： 計算物質科学イニシアティブ (CMSI)
共催： 高度情報科学技術研究機構 (RIST)
◆ 旅費を希望される方は「2月20日（木）」までにお申し込み下さい。
◆ 当日は、計算科学研究機構の正面玄関にて、入構証(ゲストカード)をお受け取りください。
・ALPSアプリケーションを用いた量子スピン系/格子ボゾン系の厳密対角化計算に興味のある方
・UNIXでのファイル操作、編集、コマンドの実行等に慣れている方(並列計算、プログラミングの経験は問いません
13:00-13:15 はじめに
13:15-14:00 ALPSの概要
14:00-14:30 ALPSの実行 (実習)
（休憩／コーヒーブレーク）
14:50-15:30 Python, pyalps, matplotlib 入門
15:30-17:00 ALPSアプリケーションを用いた実習
『計算実習は256コアを持つCMSI神戸拠点内のワークステーションを用いて行います。計算実習のためにネットワークに接続できるノートパソコン(Mac OS X, Linux, Windowsなど)をご持参ください。Windowsの場合、SSHが使える端末ソフト(PuTTYなど)をあらかじめインストールしておいて下さい。
・参考資料：「PuTTYとWinSCPの設定要領」http://www.cms-initiative.jp/ja/research-support/about-kobe-support/92foiz.pdf
※ 以下をご参照下さい。
このイベントは終了しました。
計算物質科学イニシアティブ事務局 （神戸拠点）
〒650-0047 神戸市中央区港島南町7-1-26 R501
独立行政法人理化学研究所 計算科学研究機構内
東京大学 物性研究所 計算物質科学研究センター 神戸分室
Tel: 078-940-5681
Fax: 078-304-0170
E-mail: adm-kobe@cms-initiative.jp
Webサイト: http://www.cms-initiative.jp/ja/research-support/about-kobe-support
MODYLASは、任意の分子集合体に対して大規模な分子動力学(MD)シミュレーションを行うことのできる高並列汎用ソフトウェアである。高速多重極展開法(FMM)ないしPME法による長距離静電相互作用計算をはじめ, ナノ分野・バイオ分野におけるMD計算に必要な計算手法のほとんどを備えている。
3Dトーラスネットワークに最適化したデータ構造および通信ルーチンを備え、京コンピュータおよびFX10上でのMPIおよびOpenMPハイブリッド並列による高効率な高並列計算が可能である.一般的なPCクラスター(インテルコンパイラー, PGIコンパイラー)においても動作する。
実際にMD計算を行うには、多数の原子を含む複雑な系における原子座標と力場パラメータ情報を記述した入力ファイルを生成しなければならない。これらを生成するツールとして入力支援ツールNano-Ignitionを用意している。Nano-Ignitionでは, おもにPDBファイルをインプットとして系の初期座標と力場パラメータの設定をGUI操作により容易に行うことができる。
本講習会では、Nano-IgnitionとMODYLASを用いて入力ファイルの生成からMD計算結果の解析までを実際にFOCUSスパコン上において体験していただく予定である。
是非ご参加ください。
主催： 計算物質科学イニシアティブ (CMSI)
13:00- 分子動力学法概要説明、研究事例の紹介
Nano-Ignition概要説明
MODYLAS概要説明
(休憩）
14:00- 端末セットアップ
Nano-Ignition実習
MODYLAS実習
結果の解析(エネルギー・温度・圧力のグラフ化、軌跡の可視化)
16:00 終了予定
講習会では、FOCUS設置のパソコンにて以下のソフトを利用します。この場合特別な準備は不要です。お時間に余裕のある方は事前に以下のソフトを試してみてください。
また、持ち込みノートＰＣでの実習を希望される場合は、以下の必要なソフトを事前にインストールしてください。持ち込みは、ウィルスチェックが行われていることが条件となります。USBメモリーを利用することにより、FOCUS設置のパソコンにデータの転送が可能です。（USBメモリーは利用できないことが判明しました。確認不足で
ご迷惑をお掛けして申し訳ありませんが、ご了承の程よろしくお願い致しま
す。）ノートＰＣは実習で利用するスパコンの端末としては利用できません。予めご了承の程よろしくお願い致します。
☆Linux, Mac, Windows各OSに共通のもの
・openbabel
（http://openbabel.org/wiki/Main_Page）
・VMD
（http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ ）
・NANO-IGNITION
（http://nano-ignition.ims.ac.jp/）
★Windows系OSではNANO-IGNITIONには以下が必要です。
・Gtk+のランタイム環境
（http://sourceforge.net/projects/gtk-win/）
・Perl(Strawberry Perl等)
（http://strawberryperl.com/）
※ 以下をご参照下さい。
計算物質科学イニシアティブ事務局 （神戸拠点）
〒650-0047 神戸市中央区港島南町7-1-26 R501
独立行政法人理化学研究所 計算科学研究機構内
東京大学 物性研究所 計算物質科学研究センター 神戸分室
Tel: 078-940-5681
Fax: 078-304-0170
E-mail: adm-kobe@cms-initiative.jp
Webサイト: http://www.cms-initiative.jp/ja/research-support/about-kobe-support
今回のFMO講習会は、「タンパク質の電子状態計算に興味があるがFMO計算の経験が無い方」を対象に、プログラム（GAMESSに組み込まれているFMO）の機能と使い方を解説します。その後、基本的なFMO計算と計算結果のグラフ化の実習を行います。実習では、新規開発のFMO計算支援プログラム（名称・FU）を使用します。構造モデルの作成、入力データの作成、FMO計算の実行と計算結果の可視化の一連の操作をこのソフトウェアで行います。
実習は参加者各自が持参するノートパソコンで行います。パソコンはWindows7（メモリ2GB以上）を推奨します（FUは、Windows8で動作確認していますが、WindowsXPでは一部画面の書き換えに不具合が生じます）。FUは当日USBメモリからコピーしていただきますので、USBメモリが使用できるパソコンを持参してください（FUのファイルサイズは約40MBです）。なお、FUはフリーソフトウェアで、実行形式とソースプログラムを配布します。
主催： 計算物質科学イニシアティブ (CMSI)
◆ 当日は、計算科学研究機構の正面玄関にて、入構証(ゲストカード)をお受け取りください。
１．GAMESSで可能なFMO計算 （Fedorov）
２．入力データの作り方 (Fedorov)
３．FMO計算支援プログラム"FU"の使い方 (北浦）
４．FMO計算の実習 （Fedorov、北浦）
５．質疑・応答 （Fedorov、北浦）
GAMESSの実行形式をダウンロードして正しく動作することを確認しておいてください。GAMESSは下記Webサイトで申し込むと、e-mailでパスワードが送られてきて、その後にダウンロードできます。
http://www.msg.ameslab.gov/gamess/
※ 以下をご参照下さい。
計算物質科学イニシアティブ事務局 （神戸拠点）
〒650-0047 神戸市中央区港島南町7-1-26 R501
独立行政法人理化学研究所 計算科学研究機構内
東京大学 物性研究所 計算物質科学研究センター 神戸分室
Tel: 078-940-5681
Fax: 078-304-0170
E-mail: adm-kobe@cms-initiative.jp
◆ お申込みは不要です。ご興味のある方は、どなたでもご参加下さい。
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日時： | 平成27年5月14日 (木) 11:00-12:20 |
|---|---|
| 会場： | CMSI神戸拠点（計算科学研究機構（RIKEN AICS）5階501号室） |
|
〒650-0047 兵庫県神戸市中央区港島南町7-1-26 |
|
| 演者： | Prof. Lixin He |
| (Key Laboratory of Quantum Information, University of Science and Technology of China) | |
| 演題： | Large-scale ab initio simulations based on systematically improvable atomic basis |
| 主催： | 計算物質科学イニシアティブ (CMSI) |
| リンク先： | http://t-ozaki.issp.u-tokyo.ac.jp/cmss1_jp.html |
●●● 入構カード●●●
◆ 当日、計算科学研究機構の正面玄関にて「入構カード」をお受け取り下さい。
（機構内の方には「入構カード」の発行は致しません。R501のドアをノックして頂きましたらスタッフがご案内致します。）
Atomic orbitals have many advantages as basis sets for ab initio electronic structure calculations. They have been popular in recently developed fist-principles simulation packages. However, the atomic basis sets must be constructed very carefully to ensure both good accuracy and transferability. Furthermore, the quality of the basis sets should be systematically improvable in an unbiased way. We have proposed a unique scheme to construct systematically improvable optimized atomic basis sets. This scheme has been implemented in our home made first-principles packages ABACUS. Our benchmark tests show that our atomic bases work very well for wide range of physical systems, including bulks, molecules, surfaces, defects, etc.
計算物質科学イニシアティブ事務局 （神戸拠点）
〒650-0047 神戸市中央区港島南町7-1-26 R501
独立行政法人理化学研究所 計算科学研究機構内
東京大学 物性研究所 計算物質科学研究センター 神戸分室
Tel: 078-940-5681
Fax: 078-304-0170
E-mail: adm-kobe@cms-initiative.jp
Webサイト: http://www.cms-initiative.jp/ja/research-support/about-kobe-support
ポスト「京」時代の人材育成を目的として、大学院生を含む若手研究者を対象にアプリ高度化支援合宿を行います。
TOKKUN!6では8/10(月)-12(水)の3日間、プログラム解析ツールIntel VTune Ampilifierを用いて参加者持参アプリの実行性能及び並列性能向上の支援を行います。
主な内容は、研究室レベルの計算機での高速化・並列化ですが、希望者には「京」などスパコン向け高度化支援も行います。
参加希望者多数の場合には、プログラム高度化へ向けた準備状況、分野間の人数のバランスなどを考慮の上、人数を調整をさせていただきます。ご了承ください。
日 時： 平成27年 8月10日（月）13:00 ～12日（水）16:00
場 所： CMSI神戸拠点（理化学研究所・計算科学研究機構・5階501号室）
定 員： 10名（先着順）
参 加 費： 無 料
主 催： 計算物質科学イニシアティブ (CMSI)
◆ 当日、正面玄関にて「入構カード」をお受け取り下さい。
（機構内の方には「入構カード」の発行は致しません。直接会場へお越し下さい。）
◆ 近隣の宿泊施設は時期により予約が取りづらくなります。お早めのお申し込み、宿泊予約をお勧め致します。
・物質科学分野の大学院生・若手研究者
・CMSI研究課題推進者（重点・特別支援・支援）
※プログラム内容は予告なく変更になる場合があります。
＜8月10日(月)＞
13:00-14:30 Intel VTune Ampilifier講習 (エクセルソフト)
14:30-15:00 コーヒーブレーク
15:00-17:30 高度化作業
17:30-18:00 情報共有
19:00-21:00 懇親会
＜8月11日(火)＞
9:15-10:45 高度化手法講習 (エクセルソフト)
10:45-11:00 コーヒーブレーク
11:00-12:00 高度化作業
12:00-13:30 休憩
13:30-15:30 高度化作業
15:30-16:00 コーヒーブレーク
16:00-17:30 高度化作業
17:30-18:00 情報共有
＜8月12日(水)＞
9:15-10:30 高度化作業
10:30-10:45 コーヒーブレーク
10:45-12:00 高度化作業
12:00-13:30 休憩
13:30-15:00 高度化作業
15:00-16:00 情報共有
1ノードもしくは1コアで数分から10分程度のインプットファイルを
用意してください。
物質科学・計算科学に関連する研究員および大学院生の方に対し、予算の範囲で支給いたします。
計算物質科学イニシアティブ事務局 （神戸拠点）
〒650-0047 神戸市中央区港島南町7-1-26 R501
独立行政法人理化学研究所 計算科学研究機構内
東京大学 物性研究所 計算物質科学研究センター 神戸分室
Tel: 078-940-5681
Fax: 078-304-0170
E-mail: adm-kobe@cms-initiative.jp
Webサイト: http://www.cms-initiative.jp/ja/research-support/about-kobe-support